Le 10 septembre, le président élu Jean-Claude Juncker (Luxembourg) a annoncé la répartition des responsabilités au sein de son équipe et la manière dont le travail sera organisé au sein de la Commission après son entrée en fonction.
Le commissaire européen Vytenis Andruikaitis (Lituanie), médecin de formation et ex-ministre de la santé, est chargé de la santé et de la sécurité alimentaire. Il sera supervisé par le vice-président le Finlandais Jyrki Katainen, chargé de l'emploi, de la croissance, de l'investissement et de la compétitivité. La feuille du route du commissaire pour la santé et la sécurité alimentaire comporte la gestion des crises sanitaires et de sécurité des aliments, la révision des procédures europennes liées à la culture des OGM, le développement de la recherche pour éclairer les États membres sur la prises de décisions politiques.
La concurrence, qui faisait partie sous les Commissions Barroso et les précédentes de la direction générale Santé et concurrence (DG Sanco) est désormais rattachée à la justice et à l'égalité entre les genres, et a une commissaire à part entière en la personne de la Danoise Margrethe Versajer.
La Commission Juncker comprend trente-cinq membres, soit cinq anciens premiers ministres, quatre vice-premiers ministres, dix-neuf anciens ministres, sept commissaires sortants et huit anciens députés européens. Elle compte neuf femmes et dix-neuf hommes, soit un tiers de femmes, loin de l'objectif de parité promut par l'Union européenne, que l'on retrouve cependant parmi les vice-présidents : trois sont des femmes.